微生物肥料又稱生物肥料、接種劑或菌肥(bacterial manure)等，是指以微生物的生命活動為核心，使農作物獲得特定的肥料效應的一類肥料制品。微生物肥料和微肥有本質的區別：前者是活的生命，而后者是礦質元素。微生物資源豐富，種類和功能繁多，可以開發成不同功能、不同用途的肥料。而且微生物菌株可以經過人工選育并不斷純化、復壯以提高其活力，特別是隨著生物技術的進一步發展，通過基因工程方法獲得所需的菌株已成為可能。